有机农业生产禁止使用化学除草剂控制杂草，其对待杂草的基本观点包括以下四个方面：
第一，干扰农业生产行为的杂草确实有多方面的危害。他们与作物争夺空间、光线、养分与水分，有些杂草与作物生长习性相似，若不去除会严重影响作物生长;作物生长收获后，杂草可成为病虫的替代寄主，杂草种子混人作物中也影响产品的质量;有时作物地周围的杂草为害虫爆发提供了先决条件。对上述杂草应予以清除，但必须采用非化学方法进行控制，以免损害土壤与作物，且低密度的杂草是可以容忍的。
第二，杂草还可指示土壤结构与营养状况出现的问题。一些有害杂草或杂草的聚集显示田间有机物腐化过程的不适当或腐化不完全，一些杂草的出现则指示土壤有酸化现象，施用石灰可控制这类杂草的生长。
第三，某些杂草在维持土壤肥力、减少土壤侵蚀、提高土壤生物活性、控制害虫、提供牲畜营养方面起着重要作用，这类杂草应得到保护。许多农民在休耕期允许杂草旺长，就是因为杂草可保护土壤、防止养分流失，起到绿肥的作用。
第四，控制杂草不能全部清除。全部清除既减少了田间生物多样性也忽视了杂草的益处，杂草控制要以能达到与作物间协调平衡为度。低水平的杂草不会对作物造成经济威胁，低于经济阂值的杂草没有必要控制。
目前常见的有机农业除草主要控制手段有以下一些：
从有机农业的杂草观可知，有机农业充分考虑杂草的利弊，控制杂草的中心方法是调控作物与杂草的关系，创造有利于作物而不利于杂草的环境条件，使作物生长超过杂草生长。概括起来主要有以下控制手段。
第一，防止杂草种子的传播。播种前清除作物种子中夹杂的杂草种子，使用的有机肥必须充分腐熟。
第二，作物种植前清除杂草。在作物播种、移栽前对田块进行翻耕、灌溉使杂草萌芽，然后再翻耕一次，清除萌发的杂草;作物生长过程通过灌溉管理防草，如在水稻生长早期保持淹水3cm，生长后期淹水10cm可控制大多数杂草的生长。
第三，利用太阳能除草。采用透明塑料薄膜在晴天覆盖潮湿田块1周以上，使温度超过65℃，以杀死杂草种子、减少杂草数量，同时也可杀死一些病原菌。有人在小面积地块用透镜聚光照射，几秒内温度升高至290℃，可杀灭几乎所有的杂草种子。
第四，改进播种、栽培技术。如增大播种率、缩小作物行距，对难萌发作物改直播为移栽等，使作物迅速占领生长空间，减少杂草对营养、水分、光线的获取，抑制杂草的生长。
第五，应用覆盖物控制杂草、保护土壤。用黑薄膜、作物秸秆、树皮等进行覆盖，阻挡光线透人，抑制杂草萌发;在果园与行栽作物地种植活的覆盖作物(如玉米地超量播种三叶草)也可抑制杂草生长;在水稻田放养红萍既可起到固氮培肥作用，又能抑制杂草生长。
第六，适时进行机械与人工除草，尤其在作物生长早期。作物生长早期比较脆弱，不能形成对杂草的竞争优势，且杂草生长早期为主要养分吸收期，对养分的吸收效率较作物高，若不清除则会影响作物生长。如水稻秧苗移栽后20d一30d对杂草最敏感，若不及时除草，则损失很大。实践表明，除草越晚，所需劳力越多，对作物造成的影响也越大。除草时机也要准确把握，即选择尽可能多的杂草种类萌发而不威胁作物时为最佳除草期，这样可降低除草次数。欧美国家大规模有机种植主要采用机械除草，农民大多拥有多种大型的除草机械。
第七，作物轮作减少杂草生长。连作使那些与作物生长相伴随的杂草群体越来越大，而轮作由于不同作物的耕作方式不同，作物的生长习性也不同，不利于杂草体系的建立。一般可一年生作物和多年生作物轮作，生长稠密、郁闭度高的作物与生长稀疏、郁闭度低的作物轮作。另外，在轮作计划中应安排种植绿肥，如首楷、三叶草、黑麦草、大麦等，抑制杂草萌发，并可减少下季作物杂草数量
第八，生物防治控制杂草。目前昆虫除草应用不多，但真菌除草剂应用较广泛，如利用已商业化生产的棕桐疫霉防治柑桔园中的莫伦藤、盘长抱状刺盘抱防治水稻和大豆田中的弗吉尼亚合萌。也可用大型动物除草，如利用鸭子或稻田养鱼可防治水稻杂草，如40只一50只成年鸭子一天放养3h，连续放养3d，则可为100m3的水稻田除草。
第九，火焰枪烫伤法除草。此法只有当作物种子尚未萌发或长得足够大时才可应用，并在杂草低于3rm时最有效。如种植胡萝卜，种子床应在播种前10天进行灌溉，促使杂草萌发，而在胡萝卜种子发芽前(播种后5d一6d)，用火焰枪烧死杂草。
第十，植物毒素抑制杂草生长。一些覆盖作物，如黑麦草、大麦、燕麦、烟草，除竞争外主要是通过分泌植物毒素抑制杂草生长。如利用微生物代谢物――新朝阳即将上市的冠菌素制成生物除草剂。
第十一，应用堆肥作为控制杂草和病虫害的重要手段。堆肥过程产生的高温可杀死动物粪便中的杂草种子和一些病虫休眠体;堆肥也可避免大量作物残体翻人土壤中产生毒素的潜在危害。同时堆肥可提高土壤肥力，改善土壤结构，增加土壤微生物活力，以提高作物对杂草的竞争能力和对病虫害的抵抗能力。由于堆肥可增加土壤有机质含量，使土壤疏松，也使杂草易于拔除。
总之，有机耕作过程中杂草的控制，首先在于通过对杂草的特点和杂草与作物的关系的认识，采取适当的农业、生态措施预防杂草发生，再辅之于一些人工与机械或生物除草法将杂草控制在经济为害水平之下。
